另一边，黄石依靠临高方面资助的现代工业品，勉强还清了“平蛮大借款”，却被熊文灿趁机弹劾“勾结海盗”，企图下狱治罪。亏得崇祯皇帝在逮捕袁崇焕之后，也甚为后悔当初纵容袁崇焕违反法度，擅自斩杀毛文龙之事，才把福建当局对黄石的弹劾暂时压下。而熊文灿也没有袁崇焕那样破坏体制，擅自斩杀大将的勇气，这才让黄石暂且逃过一劫。但另一方面，死要面子的崇祯皇帝同样没有再次启用黄石的打算。
从此之后，福建官府处处优待郑芝龙等一干投诚海盗，不断侮辱和苛待黄石的部下，全靠台湾张伟和临高方面的暗中输血，才维持住福宁军不至于崩溃——于是，恼火的黄石对明朝再无半分留恋，开始将麾下部分将士派往临高，襄助元老院的征服大业。而饱受欺负的福宁军上下，对于忘恩负义，认贼作父（过于厚待和笼络郑芝龙，拿这些海盗来对付黄石）的福建当局也是义愤填膺，对大明的忠诚基本消磨殆尽。
有了黄石这个明朝体制内的特大号带路党，临高穿越众的扩张势头顿时如虎添翼，各方面的市场被相继打开。各路海盗被相继剿灭，同时，黄石和张伟的私人势力，也被逐步融入临高元老院的体制。
崇祯三年（1630年），广东官府发兵渡海讨伐琼州“髡贼（短发贼）”，惨败，海南岛全境易主。紧接着，大批髡贼军反扑入广州，横扫珠江三角洲，获得一些通商之类的实际利益后退兵，割据香港为基地。旋即乘胜继续奇袭厦门、泉州，联合张伟、施琅的台湾军，大破盘踞闽南的郑家兵马，斩杀郑芝龙全家。
接下来，黄石率领福宁军佯装南下救援，实则绞杀郑军残部，企图独霸福建，故而与福建巡抚熊文灿发生激烈冲突。但依靠绝对的武力优势和郑家已覆灭的现实，黄石最终跟熊文灿达成妥协，联手糊弄朝廷——黄石因“战功”晋升福建总兵，熊文灿搬家改任两广总督兼广东巡抚，收拾髡贼入侵之后的烂摊子。
前来接替熊文灿的新任福建巡抚邹维琏，在各方面的压力之下，无奈承认了黄石割据坐大的现实。
至此，黄石彻底撕下了忠君爱国的画皮，完成了藩镇军阀的蜕变之路。福宁军也基本加入元老院体制，成为披着大明官皮的侵略先锋。但尽管如此，黄石自觉跟临高方面依然隐约有一种格格不入的疏远感。
另一边，在初步平定福建，剿灭台湾海峡一带各个竞争者之后，元老院的势力大举进入台湾，并且立即动用武力威慑荷兰人，迫使其不得盘剥台湾汉民，但出于维护贸易往来的考虑，暂时保留了荷兰人的据点。张伟在台湾的独立势力被收编，本人享受资深元老待遇，迁往澎湖任职，处境不好不坏。在台湾，凭着张伟留下的基础和人口，元老院建立了殖民基地高雄市。“髡贼”在南中国的势力得到了大幅度的扩张。
同年春天，由于历史被改变，后金军再次从宣大破长城入山西，当地新来的穿越者王斗（《明末边军一小兵》提前开场）在战斗中崭露头角。北京又一次遭到围攻，大明朝廷一片混乱，根本无心关注南方乱局。
同一年，海参崴的穿越集团出现，成立远东公司（《远东1628》剧情开始，为平衡各方实力而推迟两年）。通过袭击朝鲜和日本，这支装备精良，拥有飞机和登陆舰的穿越者得知了此时年份，但尚未注意到其它穿越者的存在。之后又试探性地远航辽东，收容了一批辽民，听说了黄石的事迹，才发现情况不对。
与此同时，李维同志与其妻赵娜和儿子李中人搭乘回家的现代五桅智能控帆大帆船“中远星号”，没能抵达大连，反而在一片迷雾之中穿越到了澳洲西部，然后遇到一艘很奇葩的波兰探险船（《迷航一六四二》的剧情提前，波兰鸟毛骑兵怎么也来玩大航海了？这不科学！），通过这些波兰人得知自己来到了十七世纪。船上众人在接受现实之后，只得硬着头皮跟波兰佬和袋鼠们一起生活，登陆澳洲西北部修建了一个聚居地。
不久之后，澳洲集团又遇上了南美洲“东岸国”（此时已经从公司改为正式立国）的环球探险船队，并且从他们口中得知北美穿越集团的情报，发现这世上的穿越者并不是只有自己这些人。听“东岸国”的人说北美集团在后世纽约地方建设有无线电设施，澳洲方面便努力建造和布置了一个大型的无线电天线，企图与之沟通。到了这一年的年底时候，澳洲集团鼓捣出来的无线电，还是没有联系上北美方面（南美的“东岸国”没有搞无线电），却居然联系上了临高穿越众——毕竟距离近得多，双方集团一起爆发了巨大的震动。
于是，五个最庞大的穿越集团在全球互相对峙的格局，至此基本成形，而单个的小股零星穿越者还在不断冒出来，其中又以陈新和刘民有两人的文登营最为成功和强大，从而把这个世界带进了大混乱状态。
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