他于1601年买通宦官马堂，到北京觐见神宗，并献上报时自鸣钟、万国图志、西琴、天主图像、珍珠镶嵌的十字架、三棱玻璃柱等贡品。
神宗大悦，“嘉其远来，假馆授粲，给赐优厚”。
在明末学界上，兴起一反动之势力，革新之兴味，梁启超在《中国三百年学术史》一书中指出:“明末有一场大公案，为中国学术史上应该大书特书者，日欧洲历算学之输入”。
另一方面，他还首创了中西结合翻译介绍西方科技文献的历史，并着《勾股义》、《圆容较义》、《测量法义》、《万国舆图》。
他曾与当时科学家徐光启合作，翻译(欧几里德的《几何原理》(前六卷)，梁启超称此书“字字精金美玉，为千古不朽之作”。
此外，他还第一个把四书译成拉丁文，第一个采用拉丁文为汉语注音，并与罗明坚合作编写了第一部《葡华字典》。
他在中国居住十多年，1610年5月11日病逝，并“赐葬”北京。
他在中国的几十年所写的笔记和书信结集编成《中国札记》、《中国书简》为西方了解中国提供了宝贵资料。
明代科技翻译的政治条件明代困扰着人们的另一个问题就是历法。
当时通用的历法《大统历》，(数据和计算方根据元代郭守敬编的《授时历》(1280))因长期沿用，常常因计算不准出错误。
当时采用的另一种历法《回回历(公元559年制)也因历时久远应用上差错难免，因此明末满朝上下蕴酿的另一场改革就是修改历法。
耶酥会教士正好利用这个机会取得明朝皇帝的信任，以利其传教。
利玛窦对中国科技发展的另一贡献就是倡导时帝采用西历法。
在徐光启、李之藻等中国科学家的响应下，加上来华传教士，龙华民、汤若望、邓玉涵、庞迪峨、熊三拔都懂得天文历算。
于是一场围绕中国历制的改革展开了，并译着多种天文学着作，推动了我国天文学的发展。
早在1481年正定教谕，俞正已要求改历，遭保守派陷害。
此后，历法改革呼声日高，万历三十八年(1610年)钦天临官员周子愚、上疏，请求编译。
而庞迪峨的话，是西班牙人，洞知历算之学，在我国介绍西方天文历法知识方面是位先驱，而且还引入了欧洲的实勘精神，以及用经纬度测绘地图的方法。
熊三拔，是意大利人，1606年来华，带来了许多天文书籍。
万历四十年(1612年)礼部上疏，请赖会有关官员与庞迪峨、熊三拔翻译西方改进历法。
次年，李这藻上《靖译西洋历法等书疏》，极力推荐“大西洋国归化陪臣庞迪峨、熊三拔、阳玛诺等人翻译西洋历史之书。
徐光启也曾上《修改历法靖访用汤若望、罗雅各疏》。
为推运修历，徐光启于1611年撰写《平浑图说》、《夜景图书》，还由熊三拔讲解写出《简平仪说》，介绍测量用器简平议。
李之藻根据西方天文学(原本为clauius的专着GeomatricaPractica)撰写，浑天盖通宪图说》(1607)，得到利玛窦的高度评价。
1614年，利玛窦和李之藻合作翻译了《圆容转仪》一卷。
1629年(崇祯二年)在徐、李的极力推动下，崇祯帝终于同意修历。
之后，在李之藻(1630年去世，后由李天经负责)，徐光启的监领之下，共成历书一百三十余卷，后编译成《崇祯日历》。
全书包括日离、恒星、月离、日有交会、五纬星、五星交会六月和法源、法数、法算、法器、会通基本五日，为后世提供了可靠的历法版本。
崇祯十六年(1643年)，朝延颁令正式改历，采用西法，汤若望还根据《崇祯历书》改编成《西洋新法历书》。
此后法国人蒋友仁(BenoistMichen，1793年来华)绘制《坤舆全图》，介绍哥伯尼的太阳系学院，刻卜勒关于行星的三大定律以及欧洲天文学方面的知识。
邓玉涵(JeanTerfenz1576—1630)瑞士人，通晓多种欧洲语言，是物理学家伽里略的好朋友。
1629年被召抵达北京，除参加历法改革，还向中国介绍伽里略的学院。
西方的机械力学知识和生理解剖学知识。
明朝时期占统治地位的唯心主义哲学使统治阶级轻视自然科学，在数学方面除了宋代以前留下的《周髀算经》和《数学记遗》，基本上没有什么进步。
徐光启在《刻同文指算序》中指出，“算数之学，特废于近世数百年间尔，废之缘有二:其一为各理之儒，士苴天下之实事;其一为妖妄之术，谬言数有神理，能知来藏往，靡所不效，卒于神者无一效，而实者无一存”。
基于此，徐与利玛窦翻译了《几何原理》一书(译本根据德国数学家克拉维斯(1537—1612)注的欧几里德原本译出，原书共十三头眷，一至六卷为平面几何，七至十卷为数论，十一至十三卷为立体几何，他们只译六卷，因利氏放弃而告终。
梁启超在《中国近三百年学术史》中还说“元扈首译欧几里德之《几何原理本》六卷，欧人各着之入中国，此其第一??盖承认欧人学问之价值，实自兹始也”。
徐光启又三校译本，对此书之翻译倾注精力。
后来徐又与西人合作编译《大测》介绍平面三角和球面三角，《割圆八线表》介绍了三角函数表。
测量方面，徐光启又与利玛窦合译了《测量法义》一卷，一部关于陆地测量的数学作品，因此，中国开始有经纬度的精确概念。
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