明军推进的速度很快，主要是没什么人抵抗，那些卫所军都投降了，少数那些家丁也被几轮排枪打崩了。
很快就攻破了内城，然后又拿下了皇宫，皇宫也没什么守卫，都跑了。
随后明军开始在锦衣卫的配合下到处抓人，勋贵、南京六部的文官、士绅地主、富商，南京里九成以上的有钱有势的都被抓了，就连原来的南京锦衣卫也被清理门户了。
抓的人太多，监狱完全关不下这些人，只能找了几个大院子临时关押。
至于福王，这是锦衣卫亲自抓的，被关在原南京宗人府，等着朱由校的处理。
第二天，南京城被破的消息就向四面八方传了出去，南直隶、浙江一带叛乱的人都慌了，着急忙慌的想跑路，可这时候朝廷军队从四面八方包围了过来，长江上有登莱水师巡逻，沿海地区也都是登莱水师的战船，根本没地方跑。
那些被集结起来的卫所军在听说南京破城的原因后，在锦衣卫的串联下，一些底层军官也开始带人反正，配合朝廷大军，没用一个月时间，就彻底平定了这次堪称搞笑的叛乱。
短短两个月不到，几十万大军的叛乱就被平定了，当消息传到京城后，朱由校当场就大骂废物。
虽然他知道原历史南明不怎么样，但也没想到现在这个时候的南直隶那帮人就已经这么废物了。
至于那些人该怎么处理，朱由校已经有了决定，但还是上了一次朝会。
“南直隶造反已经平定了，至于那些人该怎么处理，你们觉得怎么办？”
方从哲是首辅，第一个站了出来，“陛下，叛乱之人过多，不宜牵连过多，老臣觉得只诛首恶，从轻处罚其他人，以此显示陛下皇恩浩荡！”
“首辅真是老成谋国之言，那些士绅商人都是被裹挟的，应当从轻发落！”刘一燝立刻赞同方从哲的话。
朱由校嗤之以鼻，这不就是想保住那些士绅地主嘛，说的那么冠冕堂皇的，不知道的还真以为他们是为大明朝考虑呢。
“陛下，臣反对！谋反是十恶不赦的大罪，都应该从重处置，如此才能警示世人！”周文看到朱由校的眼色，立刻出来反驳。
“周文你放肆，你知道那是多少人吗？都从重处置天下如何看待陛下，陛下的身后名怎么办？”韩爌立刻站出来怒斥周文。
“怎么了，难道处理一些反贼，还能影响陛下的名声？陛下千古圣君，岂是区区一些反贼能影响的！”
看到这些人开始狡辩，李鸿运立刻站出来帮周文说话，而且韩爌话里的意思就是只要朱由校从重处理了这些人，那他以后就是暴君。
朱由校当然也听出来了，不过他才不在乎这些，什么事该做什么事不该做他心里有杆秤，而且这才哪到哪，要不了多长时间他们就会知道什么才是暴君。
“好了，都别吵了，朕有决定了。南京所有勋贵夷三族，那些士绅地主富商全部抄家灭一族，三代之人流放西南云贵二省，参与造反的南京六部官员和那些卫所指挥使等人，都抄家灭族！”
“任命瑞王为宗人府大宗正，替朕去一趟南京，赐福王毒酒一杯，福蕃废除，所有人迁往凤阳，严加看管！”
“陛下，这是否太重了，那么多士绅，都是良善之家，多有贤名！”
听到朱由校要把这些人全部诛杀，下面的人都慌了，他们这些人不管是什么东林党、浙党还是楚党，本质上都是士绅一员，而且那些要被处死的士绅都是他们的支持者，这要是都被杀了，他们以后也就废了啊！
而且他们也没想到朱由校杀心这么大，动不动就诛三族，虽然历史上好多动不动就是诛三族、诛九族的，但是这都非常少，很可能一个朝代都没有朱由校一次多。
而且这次要处理的加上牵连的怕是有二十万人都不止，本来以为朱元璋就是个狠人了，没想到还有更狠的，这一次比洪武四大案处理的人加起来都多。
“行了，朕不是来和你们讨价还价的，就这么办。对了，让人把那些人都拉到紫金山下处理，朕也要让太祖爷看看，他的后辈子孙那是坚决维持祖制的，朕真是孝顺！”
“还有就是任命朱良为江浙总督，总理江南事务，那些投降的卫所军都放了吧，都是朕的子民，也能彰显朕的仁德！”
“退朝吧！”
文官们精神恍惚的走了出去，他们真没想到朱由校会下如此狠手，而且他们发现，他们现在连一点反抗的能力都没有了，朱由校完全把他们的话当屁放。
朱由校则是开开心心的回了乾清宫，感觉是真的爽，这才是皇帝啊，来到这个时代三年了，终于能做到口含天宪了。
这次叛乱也算是达成了朱由校的目标，一次性把江浙地区的士绅地主还有富商们都处理了，明朝最大的不稳定地方，而且已经失控了的江南地区又回到了朱由校手里。
再加上这波之后，全天下的兵权都回到了朱由校手里，以后想干什么都没有后顾之忧了。
虽然这次给江南地区造成了一些破坏，但并不大，还在可接受范围内。
而且这一次朱由校又要发大财了，全明朝最富裕的地方被一锅端，现在朱由校已经开始掰手指头算能抄出来多少钱了，两亿、三亿或者更多，这还只是现银，要是加上其他东西，朱由校已经没法计算了。
或许有人会说，一次把有钱人都处理了，会影响经济，还有的说什么应该引导地主士绅发展工商，顾及这顾及那的，但朱由校知道，现在是明朝，是农业社会，不是后世，现在只要粮食足够，就不会乱。
再说了，朱由校有系统，他有打破一切的底气，那些工商业他可以让系统人员做，那些士绅对他来说就是可有可无的。
马上他就要对大明朝动大手术了，还会有更多的士绅倒下。
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